總院設有完整之分科：內科部（含一般內科、胃腸肝膽科、心臟血管科、腎臟科、胸腔科、血液腫瘤科、內分泌暨新陳代謝科、過敏免疫風濕科、感染科等科）。外科部（一般外科、神經外科、泌尿外科、重建整型外科、小兒外科、大腸直腸外科、心臟血管胸腔外科等）、兒科部（新生兒科、小兒神經科、小兒心臟科、小兒胸腔暨過敏科、小兒胃腸肝膽科、小兒內分泌暨新陳代謝科、小兒血液腫瘤科、青少年醫學科、小兒腎臟科、小兒感染科等）、婦產部（婦癌科、產科、婦女泌尿及骨盆重建科、生殖醫學科等4科）、急診醫學部、骨科、神經科、精神科、耳鼻喉科、眼科、皮膚科、復健科、家庭醫學科、職業醫學科、麻醉科、疼痛科、牙科部（牙周病科、補綴牙科、口腔外科、齒顎矯正科、保存牙科、小兒牙科、家庭牙醫學科等7科）、高壓氧科（中心）、放射腫瘤科、影像醫學部、核子醫學科、檢驗醫學科、病理科、健康檢查科（中心）。近來年成立外傷科暨外傷中心，積極發展外傷醫學。
設有燙傷中心、透析中心、呼吸照護中心，安寧照護病房、骨髓移植病房。有各科加護病房共百餘床。有糖尿病中心、體重控制中心、美容中心、周邊血管中心、腫瘤中心，多功能癌症防治中心、全方位乳房腫瘤中心、內視鏡微創手術中心、雷射中心、醫學遺傳中心、親子鑑定中心、兒童發展障礙研究中心、優生保健諮詢中心、睡眠醫學中心、設睡眠實驗室及病毒監視中心。器官移植小組已成功完成23例腎臟移植及10例肝臟移植手術。本院具有各種先進的醫療設備，將不再此一一詳列。