一、衛生局沿革：
民國34年11月，本市接管之初，於市政府民政科置衛生股，35年9月15日遵省令成立市衛生院，其內部組織，初分醫藥政、防疫保健、總務三股，後則改設第一、第二、第三課及檢驗室等。50年7月1日奉令改制為衛生局，置局長1人，秘書1人，下設六課及主計、人事、衛生檢驗等三室暨安全組。74年擴編食品衛生課。94年7月1日將醫藥管理課分為醫政課及藥政課；健康促進課業務移撥保健課辦理。97年1月1日配合地方制度法將「課」修正為「科」。103年4月1日，原食品衛生科及藥政科改制為食品藥物管理科，另新增健康管理科。

二、本局設下列各科、室，分別掌理下列事項：
(一)疾病管制科：傳染病防治、營業衛生管理、外籍勞工健康管理及其他有關事項。
(二)企劃科：衛生企劃、研考、為民服務、資訊、法制作業、衛生所業務管理、菸害防制、衛生保健志工管理、行政罰鍰管理及其他有關事項。
(三)醫政科：掌理醫事機構（含人員）管理、醫療品質管理、緊急醫療救護、身心障礙醫療鑑定、心理精神衛生、家庭暴力暨性侵害防治及其他有關事項。
(四)健康管理科：掌理毒品危害防制、健康醫療促進及其他有關事項。
(五)保健科：婦幼衛生（含特殊族群婦女）、癌症防治、中老年病防治、職業病防治、衛生教育、社區健康營造、國民營養衛教宣導、長期照顧、高齡友善城市及其他有關事項。
(六)檢驗科：公共衛生檢驗及其他有關事項。
(七)食品藥物管理科：食品衛生、健康食品管理、藥事機構、藥物、化粧品管理及其他有關事項。
(八)行政科：文書、檔案、印信、庶務、出納及其他不屬各科事項。
( 九)會計室：依法辦理歲計、會計及統計事項。
(十)人事室：依法辦理人事管理事項。
(十一)政風室：依法辦理政風事項。