為獎勵醫護人員、醫療機構配合新冠肺炎防疫，衛生福利部於4月14日修正「執行嚴重特殊傳染性肺炎醫療照護及防治發給補助津貼及獎勵要點」，不僅擴大實施對象，更提供醫療機構獎勵、辦理防疫工作表現績優獎勵、配合防疫取消出國補助等多項措施，並追溯自1月15日生效。
醫事人員津貼
於負壓隔離病房、普通隔離病房、加護病房及專責病房第一線執行照護疑似或確診個案之醫護人員，醫師每日1萬元、護理人員每班1萬元、專責醫事放射人員每月1萬元、專任感染管制人員每月1萬元。
醫療機構獎勵
首先，若設置專責病房者，提供每一病室10萬元設置費，並依據收治個案情形及佔床率，給予每一病室每月1萬元獎勵費。其中，應有50%以上分配給病房工作人員，包括：醫事人員、社會工作人員、行政人員及清潔人員。
第二，若設置採檢站或防疫門診者，提供每家醫療機構20萬元設置費，並依據採檢案件數，每月給予最高20萬元獎勵費。其中，應有80%以上分配給相關工作人員，包括：急診醫護人員、醫事放射人員、社會工作人員、行政人員及清潔人員等。
第三，於個案轉檢、採檢及檢驗方面，針對評估後須採檢者，安排轉檢並完成通報，每案獎勵200元。若設有採檢站、防疫門診、負壓隔離室（病房），於日間採檢及通報者，每案獎勵500元，其中300元應分配給採檢相關人員；於夜間、假日採檢及通報者，每按獎勵700元，其中500元應分配給採檢相關人員。另外，疾管署給付肺炎通報個案指定檢驗機構之檢驗費用，每件3000元中，應至少有1000元分配給檢驗相關人員。
第四，針對肺炎重症呼吸器患者，依據收治使用呼吸器病人數及使用日數，提供每人每日1萬元獎勵費，應全數分配給呼吸治療相關人員。
第五，針對收治疑似或確診病例數、感染管制成效、支援其他機構防疫、配合主管機關指派之防疫工作表現優異者，發給團體獎勵金100萬元至1000萬元，應分配一定比例給相關工作人員。
衛福部補充，針對醫事及社工人員因配合防疫取消出國之補助，醫院應於4月30日前造冊回覆，以利預算編列，當事人可於今年底請領費用。